主線9-16章

聯盟軍對洛氏連續獨吞母核的事情感到十分憤怒，洛氏只得把母核交出。因為08小隊帶回的母核已經沒有任何用處了，聯盟軍方面對此一無所知，認為洛氏交出的是贗品，以此為藉口，發動了公主島戰役。

店長知道了關於自己的真相後，佯裝上了飛機，跳湖回到了公主島。為了守護這座島嶼，打敗必須被打敗的敵人，保護少女們，店長義不容辭。神恩四劍的最後一劍，也終於出現在了08小隊的面前。這場戰役，這個島嶼，所有的少女們，會以怎樣的方式迎接明天？

由於安洛瑟引發的大爆炸，08小隊的成員失散了。一方面，大爆炸使得公主島地下層的監獄電子鎖失靈，凱瑟琳得以逃出監牢；另一方面，4號千姬被安洛瑟替換成了7號，成為一把插向08小隊內部的利刃。
火光中遠去的少女劍聖，誤打誤撞團圓的小分隊……
08小隊，處於大危機之中？ ！

由於安洛瑟引發的大爆炸，08小隊的成員失散了。面對源源不斷湧上來的聯盟軍，奈樂回想起了從前的日子，也是這樣孤立無援。好在她遇上了溫柔的格蘭妮。但是，再遇見08小隊的女鬼嘉嘉，一個人徹底擊潰了聯盟軍的營地，不知道事情究竟是簡單了還是複雜了……無瑕和艾琳憑藉店長之前留下的資料，尋求和小隊其他成員重逢的機會。洛可可也向高層撒謊製造假象，單純以“洛可可”的身份回去尋找店長。但是，那隻狐狸又一次出現了，只是這次好像還有別的事情。

和零者日達成合作協議和亞斯塔露軍的衝突之後，戰鬥變成了一群人類阿爾法和另一群人類阿爾法。
為了徹底解決那些暗殺了公主店島的朋友，同時也收到了N先生在拋來的稻草，店長決定成為聯盟軍的臥底。
未來的道路，店長其實會怎麼走……明天，店長他們又會身在何方？

洛氏宣布投降，公主陣營結束，聯盟自己的軍事調查組進軍公主島。08 小隊則搭上聶少將提供的船隻，正式拋棄了自己的名字，成為不存在的虛敗小隊(i小隊)。目前以軍營第三集團軍參謀謀求內衛和特許咖啡供應商的身份待在聯盟軍。為了擊破聯盟軍主和派給Alpha修建的堡壘，他們動身前往南美洲的亞馬遜……

在搗毀南美的前哨基地後沒多久，聶少將召集店長和洛可可兩人參與作戰任務會議，摧毁洛氏研究设施。根據情報顯示，火地島陸上與海面均出現異常活躍的Alpha群體，而在此時，從德雷克海峽的船隻通航情況發現，有東西正持續從南極運到A國。更重要的是，運送那些“東西”的船隻，幾乎都在這個點停靠一些時間，拉馬克研究所...

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